Biotechnologies

Plan

I - Alimentation (fermentation, biomasse) 

Certaines espèces fongiques se révèlent utiles, voire indispensables, dans certains domaines de l’industrie agro-alimentaire. Les levures représentent certainement le groupe le plus important de microorganismes exploités par l'homme.

Depuis la plus haute Antiquité, elles ont joué un rôle de premier ordre dans l'alimentation humaine : vinification, panification, brasserie, fromagerie.

 

  •  La plupart ne sont que les représentants d’une flore saprophyte de contamination banale reflétant le caractère très ubiquiste de ces micro-organismes.
  •  En revanche, les espèces levuriennes directement impliquées dans un process industriel du secteur agroalimentaire sont fort peu nombreuses. D’ailleurs, seules deux espèces sont considérées G.R.A.S. (“ generally recognized as safe ”) par la Food and Drug Administration : Saccharomyces cerevisiae et Kluyveromyces fragilis (maintenant incluse dans l’espèce K. marxianus) ; une autre, K. lactis, est répertoriée comme “ non-G.R.A.S. ” par la même FDA, c’est-à-dire que son utilisation est limitée à des applications bien spécifiques.

 La plus utilisée et la plus étudiée est sans conteste Saccharomyces cerivisiae. D’ailleurs ne dit-on pas “ la levure ” pour définir ce micro-organismes “ modèle ” à bien des égards. Décrite et nommée pour la première fois en 1837 par le botaniste Meyen, elle avait pourtant été observée quelque 157 ans auparavant par un “ microscopiste ” hollandais visionnaire : Van Leeuwenhoek. Il venait d’être élu membre de la Royal Society lorsqu’il décrivit des “ gouttelettes flottant dans une substance parfaitement claire que j’ai prise pour de la bière… bien que je fusse curieux de voir la façon dont ces globules parfaits de levure s’agrégeaient, je ne pus, en dépit de tous mes efforts, observer ce phénomène… ”. Il participa activement au combat contre la doctrine de la “ génération spontanée ” comme le fera, deux siècles plus tard, Pasteur, qui identifie sans ambiguïté le rôle des levures comme agents de la fermentation alcoolique en 1857.

1 glucose + 2 ADP + 2H3PO4 ® 2 éthanol + 2 CO2 + 2 ATP

  •  Le métabolisme de la levure est majoritairement de type fermentatif, même en présence d’une bonne oxygénation, en raison de la répression catabolique exercée par le glucose sur la synthèse des enzymes impliquées dans la respiration.
  •  Le volume de gaz carbonique produit lors de la fermentation panaire, responsable de la levée de la pâte, dépend de la concentration en sucres fermentescibles préexistant dans la farine (oses et oligosides), mais aussi de la vitesse à laquelle le maltose est libéré sous l’action des amylases, et des sucres ajoutés en boulangerie (saccharose, sirops de glucose à forte teneur en fructose…).
  •  Les sucres fermentescibles représentent un peu plus de 1 % de la farine (% de matière sèche) : 0,1 à 0,2 % de glucose et fructose, 0,2 à 0,3 % de saccharose, 0,007 % de maltose, 0,5 % de lévosine.

Le pain … un aliment symbolique qui constitue la base de l’alimentation depuis 7 à 8000 ans. C’est en Egypte, que serait apparu le premier pain fermenté ; sa fabrication était associée à celle de la bière puisque l’on recueillait l’écume qui remontait à la surface des brassins pour faire lever la pâte. Dans cette pratique empirique et ancestrale, on utilisait la levure de bière sans savoir qu’il s’agissait du même microorganisme que celui présent dans la farine : on ignorait même son existence. Ce n’est qu’à la fin du XIXème siècle que se développera une industrie spécifique pour la production des levures, à la suite des travaux de Pasteur. Il faudra attendre 1920 pour que Soren Sak (Danemark), inventât la méthode moderne de production de levure de boulangerie.

 

 

 

 

2 - Produits laitiers

Les levures font partie de la flore normale du lait cru. Parmi les espèces dominantes, citons Candida kefyr et sa forme parfaite Kluyveromyces marxianus, C. famata et sa forme parfaite Debaryomyces hansenii, C. colliculosa et sa forme parfaite Torulaspora delbrueckii, Pichia membranefaciens… Remarquons que S. cerevisiae est rarement rencontré et que Geotrichum candicum  n’est habituellement représenté que par quelques u.f.c./ml (15). Les levures ont occupé une place de choix dans la production de laits fermentés, mais ce n’est plus le cas aujourd’hui, à l’exception du kéfir, koumiss, gua-naï et quelques autres laits fermentés.

a - Kéfir et koumiss 

 

 

b - Fromages

  •  Les fromages sont fabriqués à partir de lait coagulé.
  •  Si la présence des levures est à éviter chez les fromages frais (fromages “ blancs ”), leur développement contrôlé et leur maintien à des niveaux élevés pendant l’affinage concourrent à leur attribuer un rôle incontestable dans bon nombre de fromages affinés. Il s’agit :
    •  soit uniquement, ou très majoritairement de levains (Kluyveromyces lactis, Debaryomyces hansenii, Pichia, Saccharomyces, Torulopsis, Rhodotorula …) ensemencés avant que le lait ne coagule, dans le cas   des   fromages  fabriqués à partir de lait  pasteurisé, ce traitement thermique ayant détruit la presque totalité de la flore levure originelle du lait,
    •  soit de l’intervention conjointe de la flore sauvage du lait et des levains, dans les fromages au lait cru : cette diversité enrichit la flaveur des produits.

La transformation du lait en fromage constitue une forme ancestrale de conserver le lait. Beaucoup de nos fromages sont les héritiers d’un long passé (l’histoire du roquefort remonte au moins à l’an mille) qui les rattache à l’histoire ecclésiastique et politique d’une abbaye médiévale.

Cependant, avant le XVIème siècle, une grande partie du monde ignorait les fromages.

La faible tradition fromagère proche-orientale est un réel paradoxe car l’élevage laitier y est un des fondements de l’économie régionale.

Dans le camembert (exemple de fromage à pâte molle à croûte fleurie), elles se développent rapidement en surface et atteignent vers le 10ème jour un taux proche de 5.108/g pour diminuer ensuite sensiblement (107/G en fin d’affinage). Dans la pâte, la population suit la même évolution, mais reste environ 100 fois moins abondante qu’en surface.

Dans le roquefort (exemple de fromage à pâte persillée), les levures se développent rapidement au cours des premières heures, mais le mode particulier de salage va être à l’origine d’une diminution sensible en surface pendant plusieurs jours. Par la suite, la flore levure atteint jusqu’à 109/g.

 

3 - Produits carnés

 

 Elles doivent répondre à un certain nombre de critères tels que :

- leur capacité à fermenter rapidement et à basse température des quantités importantes de glucose et fructose,

- leur alcoolorésistance, la fermentation devant se poursuivre en présence de teneurs importantes en éthanol,

- leur rendement alcoolique, le rendement moyen étant de 1° d’alcool pour 17 g de sucre fermenté,

- leur résistance à l’action du SO2,

- leur résistance au facteur Killer puisqu’elles seront confrontées à une population levurienne sauvage importante dont certains représentants peuvent secréter cette toxine,

- leur action synergique ou inhibitrice à l’égard des bactéries lactiques lorsqu’une fermentation secondaire malolactique est recherchée, S. cerevisiae étant incapable d’assurer cette fermentation, contrairement aux levures du genre Schizosaccharomyces.

 

 

b - Levures et industrie brassicole

La bière, boisson obtenue par fermentation alcoolique d’un moût fabriqué avec du houblon (à partir du VIIIème siècle en Bavière) et du malt d’orge pur ou associé à d’autres céréales ou à des matières amylacées, est plurimillénaire. Déjà fabriquée à l’époque sumérienne, ce fut alors la boisson nationale des Egyptiens. Plus tard, elle sera appréciée des Gaulois et des Germains. Fabriquée par des femmes pendant des siècles, son industrialisation est intimement liée aux “ études sur le bière ” publiées en 1876 par Pasteur. 1883 marque une date importante. Emil Christian Hansen introduit une culture de levure pure à partir d’une cellule unique pour fermenter le moût de brasserie ; méthode qui s’est vite généralisée et perdure. La production mondiale dépasse actuellement le milliard d’hectolitres.  

 

  

  • En termes de taux cellulaire le développement microbien est peu important. Il passe de 2.107 cellules de S. cerevisiae /ml de moût à 108 cellules pour revenir au niveau initial en fin de fermentation.

  •  La levure est ensuite récoltée, tamisée, stockée à basse température et réutilisée 6 à 10 fois.
  •  Des tests de mini-fermentations permettent alors d’évaluer ses performances avant ensemencement.

 Les critères spécifiques de sélection des souches brassicoles tiennent compte :

- de leur aptitude fermentaire à différentes températures. On distingue ainsi les levures de fermentation haute (température de début de fermentation : 16 à 24°C ; durée de fermentation “ haute ” de 2 à 5 jours), qui ont conservé leur métabolisme aérobie et la capacité de sporuler ; et les levures de fermentation basse, qui doivent être capables de fermenter à des températures de 8 à 12°C et possèdent une durée de fermentation “ basse ” de 6 à 10 jours ; elles ont généralement perdu leur métabolisme aérobie et la capacité de sporuler.

- de leur pouvoir floculant. Cette capacité de floculation, liée à la souche, dépend aussi de la teneur en calcium et du pH du milieu de culture.

- de leur aptitude à produire des métabolites intervenant dans la flaveur du produit…

 

 

5 - Cacao

 

6 - Autres applications : sauce de soja, miso et sufu, …

 

B - Biomasse

 

1 - Culture sur amidon

 

2 - Culture sur cellulose

 

3 - Culture sur glucides divers

 

4 - Culture à partir du méthanol et de l’éthanol

 

5 - Levure-aliment

 La production de "levure-aliment"s'effectue sur des substrats très variés :

- le lactosérum, par exemple, produit résiduaire important des laiteries et fromageries, est un excellent milieu de culture permettant le développement de levures utilisant le lactose comme source de carbone ; ce sont des souches de Kluyveromyces lactis et  K. lactis qui ont le meilleur rendement.

- les mélasses de betterave et de cannes à sucre, riche en saccharose, permettent d'obtenir des biomasses protéiques ou des levures pour la panification ; les deux espèces les plus couramment cultivées sur ces substrats étant Saccharomyces cerevisiae et Candida utilis.

- les liqueurs sulfitiques, résidus de la fabrication de la pâte à papier, riches en pentoses, ainsi que les hydrolysats cellulosiques provenant de déchets forestiers, paille de blé ou autres céréales, fournissent des milieux de culture pour Candida utilis.

- enfin, les hydrocarbures, essentiellement les paraffines normales, les gasoils paraffiniques, le méthane et le méthanol (produit d'oxydation du méthane) peuvent servir de substrats pour la croissance de nombreuses espèces de Candida. On peut signaler que des analyses biologiques de ces "levures du pétrole" ont démontré l'absence de toute toxicité ou effet nuisible important imputables à ces protéines microbiennes introduites dans l'alimentation animale ou humaine.

Suite