La 5ème année Hospitalo-Universitaire (AHU) comporte un stage hospitalier commun à tous les étudiants (équivalent de 12 mois à mi-temps) et une formation universitaire spécialisée.
Stage hospitalier : l'étudiant travaille à l'hôpital dans une pharmacie, un laboratoire de biologie et une unité de soins. Il est chargé de fonctions dans le domaine de la pharmacie clinique et de la biologie clinique, et perçoit une indemnité d'environ 225 euros par mois.

Formation universitaire : l'étudiant suit des UV spécialisées dans le domaine de l'officine, de l'industrie ou des fonctions de l'interne. 4 UV doivent être validées au cours du 3ème cycle.
Après avoir validé cette AHU, l'étudiant effectue :

• soit une sixième année de pharmacie générale (officine, industrie)
• soit quatre années d'internat (biologie médicale, pharmacie industrielle et biomédicale, pharmacie hospitalière, pharmacie spécialisées)
• soit trois années de recherche pour le doctorat d'université (enseignement, recherche)

La 6ème année de pharmacie générale forme les omnipraticiens pour l'officine et l'industrie, tout en offrant à ceux-ci la possibilité d'acquérir dans certains domaines bien définis, une formation spécialisée courte.
Les étudiants de la filière Officine effectue un stage professionel de 6 mois, ceux de la filière industrie doivent valider un DESS ou un mastère qui leur donne l'équivalence du stage professionnel et d'une unité de valeur.
Les étudiants préparent la thèse d'exercice donnant le diplôme d'Etat de Docteur en Pharmacie.

Dans le cadre de la filière Recherche, l'étudiant effectue un DEA en 5ème année qui lui donne l'équivalence du stage professionnel et de 2 unités de valeur ; en 6ème année il effectue le stage hospitalier et valide 2 unités de valeur.

D'autres formations sont organisées au sein de l'ISPB.

Une double formation Pharmacien-Ingénieur est également proposée ; dans ce cas les 5ème et 6ème années s'effectuent en école d'Ingénieurs. Une inscription sera prise en 5ème année pour le stage AHU et en 6ème année pour la thèse d'exercice.

Les quatre années d'internat comportent plusieurs filières accessibles par le
concours :

- Pharmacie Industrielle et Biomédicale qui prépare à une carrière industrielle dans les différents secteurs d'activité liés aux médicaments, à la préparation et au contrôle des bioréactifs ou aux dispositifs médicaux.

- Pharmacie Hospitalière et des Collectivités qui ouvre à la carrière de Pharmacien des Hôpitaux et à celle de Pharmacien Inspecteur de la Santé.

- Pharmacie Spécialisée qui prépare aux carrières de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur.

- Biologie Médicale qui est commune aux médecins et aux pharmaciens et qui forme les futurs directeurs de Laboratoire d'Analyses Médicales.
Voir les DES enseignés

Une année recherche, correspondant à la préparation d'un DEA, ouvert aux seuls étudiants titulaires d'une maîtrise, est possible pour les internes les mieux placés à l'issue du concours : cette formation a lieu en plus des quatres années d'internat et se situe entre la 2ème et la 4ème année d'internat.

Le concours d'Internat: à partir de la 4ème année validée, il est possible de passer trois concours interrégionaux pendant deux ans. Le programme est national et correspond à celui des deux premiers cycles universitaires.